水産指導者養成コースでは、我が国と漁業関係のある国から、将来水産行政において指導的役割を果たすことが期待される行政官や研究者を対象として、水産資源・流通・経済など各分野の専門家による大学院修士課程レベルの水産専門講義、演習、実習及び個別課題研究を中心とする研修を実施しています。本コースの修了者は帰国後、漁業担当次官など重要なポストに登用されることもあり、我が国との良好な関係構築に大きく貢献しています。

財団の研修事業では、上記の他にも乗組員養成コースなど目的別に研修コースを開設しており、これまで3,400人以上の研修生を受け入れています（2022年3月現在）。

かつお・まぐろ類などの水産資源の適切な管理、持続的利用を推進するため、地域漁業管理機関（RFMO※） の保存管理措置に基づき、国際基準に準拠した科学オブザーバーの育成、我が国漁船への配乗、科学データの収集などを実施しています。科学オブザーバーが収集する漁獲対象魚種及び混獲生物に関するデータは、国立研究開発法人  水産研究・教育機構 、RFMOなどで分析され、各機関の資源の評価と保存管理に貢献しています。

プロジェクトタイプの協力事業の一つです。

パプアニューギニア周辺はかつお・まぐろの好漁場で、我が国漁船にとって重要な漁場の一つです。パプアニューギニアも、近年、自国のまき網漁業を中心とする企業型の漁業と陸上加工業の開発が進んでいます。一方、沿岸漁業の開発は遅れており、パプアニューギニア水産公社は沿岸漁業開発に有効な漁業として定置網漁業の導入を進めることとし、自ら定置網を調達するとともに財団に技術協力を要請しました。この要請に対して、財団は2013年度から専門家を派遣し、定置網漁業を実施するために必要な情報収集、現地での定置網技術の導入・普及、人材の育成を行っています。現在は3州の沿岸コミュニティーによる自立的な定置網の運営が始められています。財団の協力事業はパプアニューギニア水産公社から高く評価されており、極めて良好な漁業関係の維持・強化に貢献しています。

アフリカ諸国や太平洋島嶼国などにある水産関連施設（製氷施設、ワークショップ、漁船、調査船など）は、各国の沿岸漁業開発に必要不可欠であるにもかかわらず、自然災害などによるものの他、維持・管理や修理のための技術力不足、資金不足によって機能が低下しているものが少なくありません。

財団はこれらの国々からの要請を受けて必要な分野の専門家を派遣するとともに、修理・修復のための資機材を提供し、水産関連施設の機能を回復しています。同時に資機材の維持・管理や修理・修復にかかる技術指導、施設の有効活用に対するアドバイスを行い、各国の沿岸漁業開発を支援しています。

特に太平洋島嶼国においては、財団の海外駐在員事務所をフィジーに、出張所をミクロネシアに設置し、専門家が定期的に各国を巡回することにより、相手国のニーズにきめ細かく対応し、二国間の信頼関係の強化に貢献しています。